Fue fundada en 1629 por el Padre Jesuita José Ordoñez, integrante de la Compañía de Jesús, dio origen a este municipio. Tras el asentamiento, hubo un período de abundante crecimiento y desarrollo notable de la misión, pero los guaraníes se vieron obligados a crear milicias armadas convirtiéndose en el baluarte defensivo del territorio misionero contra los ataques de los bandeirantes, mamelucos y tupíes brasileños, quienes llegaban a estos poblados con el fin de saquear y de secuestrar aborígenes para venderlos como esclavos en las fazendas paulistas.
En 1877, más de cien años después de la expulsión de los jesuitas, San Javier fue refundado con la llegada de los primeros colonos inmigrantes a la zonas y donde poco a poco se fueron acercando los lugareños nativos en busca de seguridad.
La historia de San Javier se revitaliza en la integración regional del Mercosur, conformando el actual «Circuito Internacional de la Misiones Jesuíticas», reconocido como el primer producto turístico trinacional del Mercado Común del Sur, considerado además como el cuarto circuito del turismo cultural a nivel mundial.
Popularmente conocida como “La Dulce”, San Javier es una de las localidades más pintorescas de Misiones, emplazadas en la costa del Alto Uruguay, y concentra gran diversidad cultural, histórica y productiva, que son claves en Misiones. Entre ellas, se pueden destacar desde la Primera Escuela de Frontera en Misiones, hasta el histórico Ingenio Azucarero, una de las industrias misioneras más relevantes.
Respecto de la vida religiosa en general, San Javier concentra actividades religiosas variadas, con capillas pertenecientes a diversas creencias. Entre ellas, la Parroquia San Francisco Javier se encarga del pastoreo de más de otras comunidades en las zonas aledañas como Mojón Grande, Dos Arroyos e Itacaruaré. Por su parte, el Cerro Monje, con sus 350 mts de altura, es uno de sus atractivos turísticos históricos y permite una experiencia única con legendaria peregrinación al Cerro los días jueves y Viernes Santo.
La ciudad también se destaca por ser una de las grandes zonas fronterizas y aduaneras de Misiones, con un tránsito diario con el hermano país de Brasil. Y por contar con una escuela modelo de Prefectura Naval Argentina y el Regimiento de Infantería Monte 9 “Cr. Manuel Vicente Pagola”
Por último, San Javier fue declarada por la Cámara de Diputados de Misiones como sede de la Fiesta de la Identidad Misionera, para conmemorar cada 30 de noviembre el natalicio de Andres Guacurarí. Esta fiesta tendrá su primera edición en el año 2021.
