Se trata de uno de los 30 pueblos históricos de las Misiones guaraní-jesuíticas, que fue recolonizado por el gobierno de Corrientes durante la segunda mitad del siglo XIX.
Fundado originalmente en 1622 por los PP. Jesuitas Pedro Romero y Diego de Boroa, Corpus Christi sufrió la decadencia que devino de la expulsión de los jesuitas, en 1768, y luego fue parte de los pueblos destruidos por los ataques paraguayos y luso-brasileños en la década de 1810.
Luego de la guerra de la Triple Alianza, la provincia de Corrientes recupera la soberanía sobre la margen izquierda del Paraná y toma posesión de los antiguos cinco pueblos misioneros: San Ignacio, Santa Ana, Candelaria, Loreto y Corpus. En ese marco, es que en 1877 el gobierno corriente concretó la formación de colonias agrícolas, utilizando para tal fin los antiguos emplazamientos de la época jesuita. Entre ellos, se refundó Corpus, el 27 de septiembre de 1877.
El 5 de julio de 1881 se presenta a la aprobación del Congreso Nacional una ley declarando nacional el territorio de Misiones. Es nombrado gobernador el Coronel Rudecindo Roca (gestión de 1882-1890). Estaba casado con Teodosia Lencisa. Nació en 1850 y falleció en 1903. El decreto de la ley de Federalización de Misiones fue de fecha 22 de diciembre de 1881. En 1882 Corpus es designada capital del Territorio Nacional de Misiones con el nombre de San Martín.
Con fecha 16 de marzo de 1882 el Ministerio del Interior promulgó el siguiente decreto:
Artículo 1°: Designase Capital del Territorio de Misiones al Pueblo de Corpus que en adelante se denominará oficialmente Ciudad de San Martín.”
Con el objetivo de recuperar y difundir la historia local, e que desde el Área de Museología municipal se gestionó la elaboración de un documento académico que contenga estos sucesos. Con el aval del intendente Orlando Rostan, la investigación fue realizada por el Dr. Norberto Levinton. Este trabajo se encuentra actualmente en imprenta y de allí tomamos algunos párrafos que dan cuenta de los orígenes del municipio.
